עם עליית המתיישבים לאדמות נתניה הוקם במקום וועד מושבה שפעל ע"פ חוקה ותקנות שקבעו את זכויות וחובות החברים ואת חוקת הבחירות והמיסים. וועד המושבה עמד בקשר הדוק עם הוועד הראשי של "בני בנימין. ע"י ועד המושבה פעל שני מוסדות "קואופרטיב המים - מי שרון"ו"קופת מלווה חקלאי". בקואופרטיב המים היו חברים כל המתיישבים והוא דאג לכל הקשור בחלוקת המים, תשלום עבור בארות ועוד. "קופת מלווה חקלאי" היתה קרן להלוואות קטנות . המתיישבים רכשו כל אחד מניה בת לירה ארץ ישראלית שהעניקה להם אפשרות לקבל הלוואה לזמן קצר. שני הגופים פעלו למעשה במשותף, אותם אנשים עמדו בראשם והקשרים עם "הנוטע" היו הדוקים ביותר. ב- 1 באוקטובר 1932 ניתן לנתניה מעמד של "כפר" מטעם שלטונות המנדט ובמקום מונה "מוכתר" - צבי פייקוביץ.
בשנים הראשונות התנהלה נתניה ע"י וועד המושבה. עם המעבר למעמד של עיירה התנהלה המושבה ע"י 'מועצת המושבה נתניה'. בשנת 1933 נערכו הבחירות הראשונות למועצה וכעבור שנתיים סבב הבחירות השני, כשזכאים להצביע רק בעלי הנחלאות והמשקים החקלאיים. לפועלים לא הייתה זכות בחירה, על אף מספרם, וכך גם לנשים. במועצה פעלו מספר מחלקות שטיפלו בענייני המושבה. נושאי חינוך, בריאות, ואפילו מחלקת סעד בראשותם של ישראל דב פטקין ונחמה וינר, שרות וטרינרי ואף פיתוח, בנייה ושיפור חזות העיר. רק באמצע שנות השלושים הקימו הנשים קול צעקה וכך זכו לזכות בחירה ונחמה פטקין נבחרה לחברת וועד המושבה. מבין השירותים שסיפקה המושבה המועצה נמנה את החשובים שבהם:

חינוך - כבר בשנת 1930 הוקמו בנתניה בי"ס וגן ילדים. בשנת 1936 פעלו בנתניה בית ספר אחד - ביאליק , ושני גני ילדים (אחד במושבה ואחד בשכונת בן ציון), כמו כן פעלה בנתניה ספרייה.
בריאות - באמצע שנת 1935 פעלו במקום שלושה רופאים, שפעלו מטעם קופת חולים עממית, ורופא וטרינר שהשגיח על אספקת הבשר ועל הניקיון הכללי.
שירותי דת - ועד המושבה מלכתחילה שילם את הוצאות על הרב והשוחט. ב-1934 הוקם בית הכנסת "שונה הלכות".
הבנייה הציבורית - הבנייה הציבורית וכן יתר העבודות הציבוריות התנהלו ע"י "החברה לפיתוח נתניה"ששימשה כאחד ממנופי הפיתוח העירוני בעיר. באחריותה היה לסלול את הדרכים הפנימיות ולנטוע שדרות וגנים. (מתוך: שמואלי, אבשלום וברור, משה, 1982, ספר נתניה, הוצאת עם עובד).