ניהול המושבה הופקד בידי "וועד המושבה" שהוקם ע"י החברים ונתמך ע"י הוועד הראשי של "בני בנימין". ועד המושבה פעל על פי חוקים ותקנות שבהם פורטו החובות והזכויות של החברים. כל חבר שילם מס קבוע, ששימש לתשלום הוצאות הקהילה, כמו אחזקת רכב, רופא, שוחט ושמירה.
19.10.1932 העניק הממשל הבריטי מעמד של "כפר". ליו"ר ועד הכפר נבחר עובד בן עמ"י. כ"מוכתר" הכפר מונה צבי פייקוביץ (אלון), אחיו של יגאל אלון, מראשוני המתיישבים שהגיעו ממסחה - כפר תבור. מן הקמתה של נתניה התמודדה המושבה עם בעיות בטחון. כשפרצו מאורעות תרפ"ט באוגוסט 1929 היו בנתניה 16 מתיישבים בלבד. השאר החלימו בתל - אביב ממחלת הקדחת שפקדה את היישוב. המתיישבים נהנו מחסותו של השייח' צלאח חמאדן מאום ח'אלד שהגן עליהם מפני הפורעים. אולם צעירי טול כרם הגיעו למקום ודרשו משייח חמאדן שיסיר חסותו מהמתיישבים היהודים. בשל יחסי שכנות ששררו בינו לבין אנשי נתניה, החליט להגן עליהם בדרכו.
המתיישבים יצאו מהמושבה לאורך חוף הים, לכיוון צפון ודרום. בישוב נותר רק השומר אברהם שפושניק, ואתו קומץ אנשים. גם הם נאלצו להתפנות ע"פ דרישת הבריטים.
העדרות מן היישוב לא נמשכה זמן רב. כעבור שבוע חזרו חלק מהמתיישבים. להפתעתם מצאו שהשייח' חמאדן נפטר בלילה בו עזבו. האגדה מספרת שמת מצער. בני השייח' השקו את הנטיעות הרכות ושמרו על רכוש יהודי נתניה. (מתוך: לרנר, חני, 1997, ישראל 50 שנה ונתניה על סף ה - 70, הוצאת אלפא תקשורת).
השמירה על בטחונו של היישוב החדש הוטלה על המתיישבים עצמם, אשר עבדו ביום תוך אבטחה ושמרו בלילה מסביב למחנה בעזרת נשק מוסתר. רוב מתיישביה הראשונים היו חברי "ההגנה", ומקצתם היו חמושים כבר בבואם ליישוב.
בשנים הראשונות שיתפו "ההגנה" וארגון ב' פעולה באבטחת היישוב. חברי הארגון הצטרפו לחברי ההגנה במשימות שמטרתן הייתה שמירה על הנפש ועל הרכוש מפני כנופיות הערבים. תפקידם המרכזי היו אבטחתם של הפרדסים - מפני עקירה, בארות המים - מפני חבלות, והרכוש - מפני הצתה.